Häufig ist der Krankheitsverlauf jedoch symptomlos. Überträger der FSME ist eine infizierte Zecke, in unseren Gebieten hauptsächlich durch den Gemeinen Holzbock. Als Prävention empfiehlt die Ständige Impfkommission (STIKO) für Personen, die in FSME-Risikogebieten (Risikogebiete können der Seite des Robert-Koch-Instituts entnommen werden). Zecken exponiert sind oder Personen, die durch FSME beruflich gefährdet sind (exponiertes Laborpersonal sowie in Risikogebieten, z. B. Forstarbeiter und Exponierte in der Landwirtschaft) eine Schutzimpfung. Ebenfalls sollte der Körper nach einem Besuch von Zecken-exponierten-Stellen (Wald, Büsche, etc.) der Körper nach Zecken abgesucht werden.

Die Übertragung wird durch den Stich der Zecke vollzogen, da es hier zur Übertragung von FSME-Viren aus den Speicheldrüsen der Zecke kommen kann. Besonders Waldrandgebiete, hohes Gras und Büsche sind das Reservoir von Zecken, da hier ihre Primärwirte, wie Mäuse, leben. Selten ist die Übertragung von Milchprodukten, da sie nur bei unpasteurisierter Milch möglich ist. Eine Übertragung von Mensch zu Mensch ist nicht möglich.